Bereits in der zweiten Hälfte der 1990er-Jahre vermochte der Betrieb mit drei Schiffen den Verkehrsstrom über den See nicht mehr zu schlucken. An der Aktionärsversammlung vom 16. Mai 1997 wurde ein Kredit in der Höhe von 7,5 Millionen Franken zum Bau einer vierten Fähre gesprochen. Erste Überlegungen gingen von einer Kopie der seit 1991 eingesetzten «Horgen» aus. Der Verwaltungsrat der Fähre Horgen-Meilen AG (FHM) kam allerdings zu einem anderen Schluss und plädierte für ein gänzlich neues Aussehen. Erstmals seit dem Bau der «Schwan» wurde das Projekt ausgeschrieben. Die Bodan-Werft und die Öswag in Linz beteiligten sich daran und übergaben der FHM ihre Offerten. Die praktisch gleichwertige Qualität der beiden Angebote machte es dem Verwaltungsrat nicht einfach. Mit einem Entscheid von fünf zu vier Stimmen zugunsten der Bodan-Werft fiel die Entscheidung sehr knapp aus.
Die Kiellegung erfolgte im April 1998 in der Bodan Werft in Kressbronn. Anfangs März 1999 konnten die Teile bereits nach Zürich Wollishofen in die Werft der ZSG überführt werden. Genau wie die «Horgen» war das neue Schiff an einem Freitag zum Einwassern bereit, was ja nach einem alten Seemannsbrauch Unglück bringen soll. Damit die Arbeiten zügig weitergehen konnten, fanden Einwassern und Taufe am Samstagmorgen, 10. Juli 1999, um 00.10 Uhr statt! Die Taufe des Schiffes fand am 11. August 1999, einem Tag der totalen Sonnenfinsternis, statt. Die Inbetriebnahme erfolgte am 15. August 1999.
Das «Zürisee» genannte Schiff 52.60 Meter lang und 13,00 Meter breit (jeweils über alles). Zwei MTU-Achtzylinder-Dieselmotoren à 550 PS auf 2 Voith-Schneider-Propellern treiben die Fähre an. 44 Personenwagen und 300 Personen haben auf der «Zürisee» Platz.
Zur Namensgebung wurde ein öffentlicher Wettbewerb ausgeschrieben. Aus 2’236 Einsendungen entschied sich der Verwaltungsrat schliesslich für den Namen Zürisee. Der Sieger des Wettbewerbs, Sascha Wüthrich aus Horgen, erhielt als Preis eine lebenslange Freikarte für die Fährschiffe.
Ab dem Sommerfahrplan 2000 war es möglich, den 7½-Minuten-Takt einzuführen.
